军统全称“国民政府军事委员会调查统计局”，局长贺耀祖，陆军中将，1938年特加陆军上将衔，实际主持工作的人物大家都知道，正是副局长戴笠。

军统分为内勤组织和外勤组织，其中，本部的内勤组织分为军事情报处、党政情报处、行动处、电讯处、司法处、人事处、经理处、总务处、训练处、警务处十个处，后期增设布置处，还有秘书室、甲室、特种政治问题研究室、特种技术研究室、督察室等5个室，特务总队、各集中营、特别侦察组、外事侦察组等“四一单位”。其中处长军衔多为少将。

外勤组织在敌方区域主要的结构按照从上到下，是区—站—组—队。

区，渝特区、川康区、北方区、西北区、晋陕区、华南区、粤桂区、沿海区等，区长军衔多为少将，北方区等重要区甚至是中将。

站，各特别市、省会城市都设有站，天津、北平、云南、美国站等站长为少将级别，其余的小站主官的军衔则为上校。

军统天津站在抗战结束后改组而成的保密局天津站是甲种大站，定编160人，站长能够调动的除了在编人员，也有人数难以具体统计的大量不在编人员。

军统在抗战期间，在册人员牺牲1.8万余人，加上外围人员共牺牲4万多人，击杀敌寇27000人。